不予办理专利权质押合同登记的情形有：出质人非专利文档所记载的专利权人或者非全部专利权人的。专利权被宣告无效、被撤销或者已经终止的。假冒他人专利或冒充专利的。专利申请未获授权的。
专利权被提出撤销请求或被启动无效宣告程序的。存在专利权属纠纷的。质押期超过专利权有效期等。法律依据：《民法典》第四百一十条
债务人不履行到期债务或者发生当事人约定的实现抵押权的情形，抵押权人可以与抵押人协议以抵押财产折价或者以拍卖、变卖该抵押财产所得的价款优先受偿。协议损害其他债权人利益的，其他债权人可以请求人民法院撤销该协议。
抵押权人与抵押人未就抵押权实现方式达成协议的，抵押权人可以请求人民法院拍卖、变卖抵押财产。抵押财产折价或者变卖的，应当参照市场价格。
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